微生物在自然界中的分布很广，食用菌生产中所涉及到的原料、用水、设备、空气等都着大量的真菌、细菌、放线菌、病毒等微生物和虫害，它们无时无刻在与食用菌争夺养料和侵害食用菌。这些杂菌和病虫害给食用菌生产造成很大为害和损失。在食用菌制务虚和栽培中，消灭和抑制有害微生物的活动，对食用攻进行纯培养是很有必要的，故消毒灭菌是食用菌生产过程中很重要的一环。