"以社会民生为导向，坚持科技创新"是该所的科技创新理念。建所近半个世纪以来，广东省微生物所始终把民生科技放在第一位。著名真菌学家,中科院院士（原称学部委员）邓叔群从零开始,发起成立了广东省微生物研究所的前身中科院中南真菌研究室。历经风雨，伴随着祖国奋进的步伐，终于成为现在规模的研究所。其间从老领导李康寿和老一辈科学家简浩然、陆大京，到贺鹰抟、何能波、丘元盛、郭俊、吴清平这一任任所长，乃至到如今的以许玫英为代表的青年科学家，几代人薪火相传，使广东省微生物所成为如今区域科技创新一支不可或缺的劲旅，为广东省乃至我国科技事业作出了突出的贡献。全所共取得科技成果140多项，其中国内先进水平以上成果130项；获得国家和省部级奖80多项，其中国家级奖励6项。
建所47年以来，特别是"两院"引进的高级人才郭俊研究员到该所任所长后，广东省微生物所面向国家和广东省社会经济发展对微生物学的重大需求，重点致力于具有热带亚热带特色的微生物资源、环境污染物生物治理、食品生物安全与健康以及材料防霉抗菌等战略性、前瞻性基础与公益性研究。她拥有12个国家级和省级创新平台、中心、实验室，其中包括广州国家生物产业基地生物新技术及产品研究开发和测试公共实验中心、广州化学品生态环境安全评价中心等一批国家级科技创新平台，以及博士后科研工作站，而省部共建国家重点实验室培育基地更是开创了省属科研院所独立承担建设国家重点实验室的先例。
多个"第一"彰显大智慧
依托广东省微生物所的广东省微生物菌种保藏中心是华南地区最大全省唯一的微生物种质资源库，主要承担微生物资源的分离、筛选、鉴定、保护以及前瞻性的功能挖掘应用基础研究，是国家战略资源保藏的重要基地。
广东省微生物所建有华南地区最大、全国第二的大型真菌标本馆，承担中国乃至世界范围的相关微生物类群的分类鉴定和物种多样性的评估工作，馆藏标本6万多，众多标本在全国乃至世界上是独一无二的"模式标本"，堪称"国宝"。
