食用菌在栽培过程中，会受到多种病虫害的侵害，对产量造成影响，大部分病虫害在发生初期及时发现后采取有针对性的防控措施，即可有效减少病虫害发生对产量的影响。但在病虫害发生严重后，不可避免地需要使用农药来进行防控。
截止2022年11月底，我国登记在食用菌上的农药产品从2020年底的12个增加到35个，其中杀菌剂20个，杀虫剂12个，植物生长调节剂3个(表1)。
在有效成分种类上，杀菌剂有咪酰胺锰盐、咪酰胺、噻菌灵、二氯异氰尿酸钠、噻霉酮、百菌清、吡唑醚菌酯、代森联、腐霉利和春雷霉素等10种;杀虫剂包括呋虫胺、灭蝇胺、吡丙醚、高效氟氯氰菊酯和甲氨基阿维菌素苯甲酸盐等5种;植物生长调节剂有三十烷醇和赤霉酸2种。
在农药毒性方面，全部为低毒农药;剂型方面兼顾了对环境污染小和适宜食用菌栽培小环境使用，以悬浮剂、水分散粒剂、可湿性粉剂、烟剂等为主。
在这35种农药产品的用药量信息中(表2)，食用菌品种以季节性栽培的平菇、双孢菇、香菇及空菇房为主;防治对象以发生较为普遍的霉菌、疣孢霉、细菌性褐斑病及菇蚊、菇蝇为主，使用方法拌料或拌土、喷雾和熏蒸等方法可根据发生时期选择适宜的农药种类。
总的来说，近两年食用菌上登记的农药产品数量和类别等方面都有所增加，但相较于植物依然数量较少，建议在选择农药时要对药剂的防治对象、使用时期及用法用量进行详细了解，结合病虫害发生的严重程度选择合适的用药时期和用药量，以达到精准防控;病虫害防控要遵循"预防为主、综合防控"的原则，科学选择不同作用机制的药剂轮换使用。
