食用菌的病害主要分为竞争性杂菌、真菌性病害、细菌性病害、病毒性病害和生理性病害等，主要危害最多的是竞争性杂菌。生产中应遵循以农业预防为主，药剂防治为辅的综合防治方针。
黑斑病是一种由假单孢菌引起的细菌性病害。发病后，金针菇菌盖出现椭圆形褐色或深褐色斑点，初为针尖状，扩大后直径达2～4毫米，边缘整齐，有时菌盖开裂。
食用菌栽培中病虫害的来源途径有三条：一是菌种带虫，带病源;二是培养料和覆土带虫、带病源;三是菇房(棚)内外自然传播。切断这三条传播渠道是病虫害综合防治的重中之重。
近期部分菇农出现不同程度的菌棒接种后不发菌的现象，现对可能引起不发菌的原因进行分析，并提出相应预防措施，供菇农朋友学习借鉴，并在今后的生产中予以预防。
平菇出菇阶段易被有害细菌侵染，发生软腐病、斑点病等细菌性病害，表现为菌袋表面色泽发暗、变软，伴有臭味，两头出现暗褐色水烂，常导致二茬菇出菇困难。
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