优质的菌种，菌丝生长快，整齐粗壮、浓密，无杂菌污染，抗逆性强，栽培出的子实体产量高，质量好。使用优质菌种是获得高产优质的关键。按培养方式的不同，菌种分为母种、原种和栽培种三种类型。
母种又叫一级种（试管种），是取子实体上的组织块或孢子放在培养基上萌发出来的菌丝体。母种一般要经过试验证明是优良的菌种才可使用。母种是用来繁殖菌种的种源。因母种体积小，数量少，故不能直接用于栽培，只能作栽培前的菌种使用。母种又可分为原原种和代传种。原原种是最初获得的纯菌丝体，是采取有效方法保藏，并严格控制传代次数的菌种，而且是保存在选育单位或专业菌种保藏机构的菌种。传代种是由原原种转接多次培养出来的、供培养原种用的菌种。
原种又叫二级种，是将母种转接到由农作物棉籽壳、稻麦草等发酵或麦粒组成的培养基上繁殖而成的菌种。一般是用玻璃瓶装培养基培养的菌种。原种也是作扩大繁殖用的菌种，只是数量较少，成本较高，不利于大面积栽培。
栽培种，又叫三级种，是将原种转接到由农作物发酵后制成的培养基或麦粒上繁殖的菌种栽培种一般用玻璃瓶或塑料袋装培养基来培养。