因为地表水、地下水、市政自来水等原水水质因污染或地域问题，导致水中含有各种泥沙、胶体、悬浮物、有机物、细菌、病毒、钙镁等垢类盐离子及大量无机盐，使得在使用这种原水浇灌、培育菌类作物时，很容易导致各种菌类感染细菌、病毒，从而导致各种菌类病变。
通过反渗透、超滤、纳滤等原水过滤系统，可以有效脱除原水中的各种无机盐、垢类离子、细菌、病毒等有害菌类培养的物质，生成纯净水，如果有必要，可以在纯净水中按比例加入必要的营养物质，进行菌类的培养和灌溉，可有效避免因原水水质污染或水质不达标而产生的菌类病变。
另外，锅炉水需要尽量避免含有垢类离子，以避免因垢类离子结垢导致锅炉爆炸等事故；可以将原水通过软化等设备脱去水中的垢类离子，然后再进入锅炉系统，以保证安全操作！