近些年来，由于长期使用广谱抗生素、免疫抑制剂和激素等，导致了真菌系统病（深部疾病）的不断出现，发现其中许多致病菌是条件致病菌，已引起世界范围的普遍重视，推动了研究方法的改进，使医学病原真菌的研究取得了很大的进展，改变了以往认为真菌只能引起"疥癣之疾"而不受重视的局面。随着医疗卫生事业的发展，药用真菌日益引起人们的重视，在世界范围内已成为探索和发掘新药的重要领域之一，并显示出广阔的前景。在当前的抗癌药物筛选中，真菌显示出巨大的潜力，据报道，目前发现有40个属的真菌发酵物具有抗癌活性，这主要是真菌多糖和萜烯类化合物。
1960年黄曲霉毒素的发现以及它对动物的毒性和致癌作用，引起了人们对真菌毒素的研究。仅以黄曲霉毒素而言，在1960年后的10年中就发表了上千篇的研究资料。目前已知的200多种真菌毒素中，至少有10多种可引起人和实验动物致癌，如黄曲霉毒素、杂色曲霉素、黄变米毒素和镰刀菌烯酮等。
分类的目的是以进化论为理论基础，要求分类系统总结进化的历史，反映生物的系谱。在此思想指导下，近30年来分类学呈现了百家争鸣的局面，出现了许多新分类系统（见第十三章和第十五章）。但是，近年来由于生物八界系统的出现，真菌所包括的范围有了较大的改动，1995年出版的权威性《真菌字典》第8版中，仅把真菌界分为壶菌门、接合菌门、子囊菌门和担子菌门。随着生物技术的发展，对真菌在生物界的地位有了新的认识。
随着真菌学理论研究的不断发展，在这一时期一门新兴的应用真菌的现代学科——菌蕈学（Mushroom Science）形成和发展起来。其中心内容包括菌种培育、堆肥制备、段木准备和栽培管理等几个主要组成部分。菌蕈学的兴起使得食用真菌的研究得到飞跃发展。