食用菌生产是一个严谨的过程，每一步都是环环相扣，密不可分的。任何一个环节不注意环境卫生及灭菌治虫工作，都会遭受杂菌肆虐和病虫的危害，造成产量降低，更有甚者前功尽弃。
食用菌污染控制包括以下几个环节：
一、原料污染控制
食用菌生产原料，通常为一些工农业生产的下脚料，其中富含丰富的营养，适合各种微生物的生长。尤其在夏天这个高温高湿的季节原料最容易变质（即杂菌污染），采用这些原料一定用做到灭菌彻底。
二、灭菌措施：1、要用新鲜干燥，未生过霉的原料。2、使用前在阳光下摊晒2天，晒死部分杂菌。3、熟料栽培的伞类真菌，在料中（以干料重计）加人0.5%的速效灭菌剂-亿昌增抗剂拌料。90℃灭菌3小时，杀菌率100%！ 微孔破洞，不易污染；抵抗杂菌，全程无忧！ 高压灭菌，料袋必须是聚丙烯塑料，料放在灭菌锅中（不能堆放，放时瓶与瓶，或袋与袋之间要有一定的空隙），使其受热均匀，达到灭菌彻底。其次，高压灭菌时锅中的冷空气要排尽。常压灭菌，袋料袋装锅时要有一定的空隙或者"#"字型排垒在灭菌锅里，这样便于空气流通，灭菌时不易出现死角。采用常压蒸汽灭菌锅，在加入速效灭菌剂-增抗剂后，起效温度65℃，当温度升至90℃～100℃时只需进行短时间灭菌，培养袋就达到彻底无菌状态杀菌率100％。