国家黑木耳产业技术创新战略联盟具有决策机构即常务理事会、咨询机构即专家委员会、执行机构即秘书处三大内部机构。联盟的发展总体目标是：在政府相关政策的引导下，在行业主管部门的业务指导和监督管理下，以国家和市场需求为导向，以标准化技术创新体系为核心，以做好一线服务为宗旨，组织企业、大学、科研机构和农民专业合作社等单位。

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