根据真菌的生态习性和营养方式，可分为腐生真菌、共生真菌和寄生真菌3类。

（1）腐生真菌 从死的动植物或无生命的有机物质吸取养分的称为腐生真菌。腐生真菌与动物和细菌共同分担着腐烂动植物残体的任务，尤其是分解纤维素、半纤维素、甲壳质和木质素的作用，对碳等元素的自然循环利用有着重要的意义，但对人类的经济生活也造成一定的危害。

（2）共生真菌 与活的动植物有着互惠互利关系的称为共生真菌。其中较为多见的共生真菌与活的植物营养根共生形成菌根。菌根真菌应用到植树造林、培育幼苗、绿化工程等方面均有重要的社会和经济效益。

（3）寄生真菌 从活的动植物吸取养分的称为寄生真菌，寄生真菌多数引起动植物病害。寄生与腐生两者之间还有不同程度的各种中间类型。大多数真菌在正常的情况下无论是否寄生，都能生活在已死的有机物上。

根据真菌的经济用途还可分为食用真菌、药用真菌、菌根真菌和有毒真菌。