在草菇生产过程中，常可见到成片的幼菇萎蔫进而死亡，给草菇生产带来严重损失。幼菇死亡的原因很多，主要有以下几点。
培养料偏酸草菇喜欢碱性环境。pH值小于6时，幼菇很难长大，因为酸性环境适合绿霉、黄霉等杂菌的生长，这些杂菌与草菇幼菇争夺营养，引起草菇幼菇的死亡。因此，在培养料配制时，应适当提高培养料pH值；采完头潮菇可喷1%的石灰水或5%的草木灰水，以保持培养料pH值在8左右。
培养料温度偏低草菇幼菇生长对温度非常敏感，一般培养料温度低于28℃时，草菇幼菇生长受到影响，甚至死亡。
用水不发草菇幼菇对水温有一定的要求，一般要求水的温度与室温差不多。若在炎热的夏天喷20℃左右的深井水，会导致幼菇大量死亡，根据草菇子实体生长发育的不同时期，正确掌握喷水方法。若子实体过小，喷水过重会导致幼菇死亡。在子实体针头期和小纽扣期，料面必须停止喷水。如料面较干，可在栽培室的过道里喷雾或给地面倒水，以增加空气的相对湿度。
采菇损伤草菇菌丝比较稀疏，极易损伤，若采摘时动作过大，会触动周围的培养料，造成周围幼菇菌丝断裂而使水分、养分供应不上。因此，采菇时动作要尽可能轻。采摘草菇时，一只手按住草菇的生长基部，保护好其他幼菇，另一只手将成熟菇拧转摘起。如有密集簇生菇，则可一起摘下。
