在接种环节，污染食用菌菌种的杂菌很多，包括细菌、霉菌、酵母菌、放线菌等。菌种遭受微生物污染的原因主要有以下几方面——
1.菌种培养室阴暗潮湿、空气污浊，空气中含很多杂菌，污染了食用菌菌种。
2.接种室消毒不严。未采用合适的方法，对接种室进行有效的杀菌消毒。
3.培养料灭菌不彻底，被杂菌污染。灭菌不彻底的原因主要有：1）灭菌操作不当。采用常压100℃、6-8小时或高压121℃、0.5-2小时的灭菌方法，均能杀死一般杂菌的菌丝体与孢子。目前，食用菌培养料多采用常压灭菌或高压灭菌方法。常压灭菌对谷粒、粪草等材料的灭菌难度较大，不容易达到完全灭菌的效果；而高压灭菌法的效果更好。2）培养料的不同。制作菌种所需材料的种类、培养料的含菌量、含水量以及酸碱度等因素都会影响灭菌效果。应根据不同培养料的特性，选择相应的灭菌时间。3）菌种包装容器的影响。制种时，一般用瓶或袋包装菌种。塑料袋传热速度快，而玻璃瓶传热速度则慢些。在相同培养料、使用相同的灭菌方法时，瓶装料要比袋装料灭菌时间更长。
4.菌种中含有杂菌。用于扩大培养的食用菌菌种的原种本身必须是纯菌，这样才能保证菌种的单一性。如果食用菌菌种中含有杂菌，则会导致接种率下降。
5.接种人员操作不当。食用菌接种过程需要严格的无菌操作环境，如操作不规范，则易导致培养料被杂菌污染。污染培养料的杂菌一般是接种室空气中的杂菌、菌袋表面的杂菌以及接种人员的体表杂菌等。
