菌盖是子实体最明显的部分，好象一顶帽子。形状多种多样，一般常见的有钟形、斗笠形、半球形、平展形、漏斗形等。菌盖颜色十分复杂，虽然可以基本上辨别出白、黄、褐、灰、红、绿、紫等颜色，但是各类颜色中又有深、浅、淡、浓的差异，更常见的是混合色泽。幼小与老熟时它们的颜色可以不同，中央与边缘颜色更是常有差异。表面有干燥的、有湿润的、有粘的，有光滑的、有粗糙的，还有的具有各种附属物：如纤毛、环纹、各种鳞片等。这些附属物的形状，大小、色泽又各有种种变化。菌盖边缘的形状也不一样，幼小时与成熟后的形状可以完全不同。成熟后一般可分成内卷、反卷、上翘、延伸等。周边有全缘而整齐的，也有呈波浪状而不整齐或撕裂的。菌盖表面有皮层。在皮层菌丝里含有不同的色素，因而使菌盖呈现各种不同色泽。皮层下面便是菌肉，一般由长型的丝状菌丝组成，有的则由膨大的泡囊状菌丝组成。菌肉颜色以及受伤后颜色的变化，常因种类不同而不同。一般菌肉多呈白色或污白色，有的呈淡黄色或红色等。例如牛肝菌菌肉受伤后多变为青蓝色，稀褶黑菇先变成红色后变黑色，卷边网褶菌伤后变褐色，而变黑蜡伞伤后变成黑色。
