蘑菇
当蘑菇长到3--4cm时应及时采收，以防开伞或者降低商品性。采摘时用手捏住上部，轻轻旋转扭下，不能破坏土层，一潮菇可采收7天左右，经过3--4潮可基本出菇完毕，此时也进入低温阶段，出菇量大大降低，便开始清理菇棚。
猴头菇
当子实体开始散发孢子，颜色清白，直径达7－10厘米时要及时采收。用小刀从瓶口内切下，蒂不要留得太长，以免引起杂菌感染。采收后保鲜不可超过12小时，也可晒干或60℃烘干，再用双层塑料袋贮藏。
姬松茸
姬松茸从播种至采菇需35～45天，显蕾后持续出菇2～3个月。姬松茸子实体生长迅速，容易开伞与变色，因此要适时采收。高峰期每天采收2～3次。姬松茸以菌盖尚未开伞，表面淡黄色，有纤维状鳞片，菌幕尚未破裂时采收为宜。若过熟采收，菌褶会变黑，降低商品价值。采收时，用手紧捏菌柄的中部轻轻拔起(莫伤周围幼菇)，随即用小刀刮除菌柄基部腐草、泥沙等杂质。
鸡腿菇
鸡腿菇子实体成熟的速度快，必须在菇蕾期菌环刚刚松动，钟形菌盖上出现反卷毛状鳞片时采收。若在菌环松动或脱落后采收，子实体在加工过程中会氧化褐变，菌腐甚至会自溶流出黑褐色的孢子液而完全失去商品价值。
真姬菇
真姬菇长到一定标准时，即菌盖1.5～4厘米时就应及时采收。采收时，一手按住菌柄基部培养料，一手握住菌柄，轻轻地将整丛菇拧下。第一潮菇采收完后，及时清除料面上残留的菌柄、碎片和死菇，并进行补水管理。大约15天左右第二潮菇蕾就会形成，如前所述继续管理，就可采收第3、4潮，有的可采收第5潮菇。
阿魏菇
阿魏菇开袋(瓶)后10～12天，菌盖完全开展时就及时采收。采收过早，产量低，过迟则品质下降。一般只采收一次。
杏鲍菇
杏鲍菇采收标准应根据市场需要而定。出口菇要求菌盖4-6厘米，柄长10厘米左右。国内市场要求不严格，一般掌握菌盖平整、孢子尚未弹射为采收适期。杏鲍菇头潮菇产量约占总产量的40%-60%，采收后15天左右可出第二潮菇，整个生育期可采收3-4潮，后几潮菇质量相对较差。
