粪草生菌发菌期的病害，主要来自土壤、培养料以及老菇棚残存的病菌丝、孢子或受污染的废弃物。粪草生菌发菌期病害应采取综合防治。
菇棚要设置在环境干净，通风向阳的地方。进料前3－5天可用甲醛或硫磺密闭熏蒸，床架使用前要用清水或5%石灰水，或10%漂白粉水冲洗。菇棚墙壁与四周，可分别喷1:800倍的80%敌敌畏和5%石灰水，以除虫防病。
做好覆土的消毒工作。将土粒先经阳光暴晒，再用甲醛熏蒸。
菇房的门窗及通风口，要安装60目的纱窗、纱门，防止害虫飞入。一般成虫有趋光性，可在菇房附近安装黑光灯诱杀。
