对于杂菌孢子长出袋外的暴露型污染的菌袋，如链孢霉污染的，最好是在分生孢子团呈浅黄色时，进行处理，而当已产生分生孢子团并呈橘红色时，应用潮湿的布包裹好感病部位，集中进行处理，搬时要轻拿轻放，减少震动，尽量减少分生孢子的飘散危害，或者用少量的煤油、柴油蘸湿感病部分，杀死病原，控制蔓延。
对于病菌菌落较少、每袋仅1－2个菌落的感染较轻的菌袋，可用75%酒精或10%－15%福尔马林注射，控制病菌蔓延。
对于感染重的，可采用以下两种方法进行处理：一是在生产季节，将菌袋高压灭菌后，再掺入新料中，重新利用；二是将污染的菌袋深埋或烧毁；切忌将污染的菌袋到处乱扔或未经任何处理就脱袋到处摊晒，让病菌孢子到处飞扬，造成严重的重复污染。
