蘑菇生理性病害主要有五种：硬开伞、畸形菇、薄皮菇、地雷菇和红根锈斑，其防治方法如下：
1.硬开伞：蘑菇遇异常气候，幼嫩子实体提早开伞的现象叫硬开伞，一般在18摄氏度以上，温差10摄氏度左右，或突然降温情况下发生。防治方法：在气温突变前做好保温工作，并增加菇房内的空气相对湿度。
2.畸形菇：形成的原因是覆土粗细不一，出菇部位低，菇房二氧化碳量超过0.3%；药害、病害、虫害造成。防治方法：注意覆土质量和通风，避免有害气体进入菇房；注意防治病虫害。
3.薄皮菇：整个出菇阶段都可发生，主要原因由菇房内温度过高过低，或床面通风过度引起。防治方法：高温时要加强通风，排除菇房内湿空气；低温或起大风时，菇房要保温保湿。
4.地雷菇：子实体着生在 料内或覆土下部，菇形不园整。这种菇质量差，出菇稀。产生原因：一是培养料过湿；二是料内混有泥土；三是菇房通风过多、温度偏低、覆土过迟等。以致造成结菇过早，结菇部位过低。防治方法：培养料不能过湿或混进泥块；菇房适当通风；粗土调水后，减少通风，保持85%左右的空气相对湿度，促使菌丝向粗土面生长；小菌蕾尚未形成时覆细土，创造菌丝继续向细土层生长的条件，防止过早结菇。
5.红根锈斑：发生于出菇后期，这时气温低，蒸发水分少，菌丝活力差，吸水能力较弱，出菇慢。如果喷水过多，或气候突然变化，料内酸度高，就会发生此病。防治方法：喷水要适当，料内酸度较高时，要及时用石灰水调节PH值。
