每一种食用自在不同地区常有不同的名称，有的是同菌异名，如同为一种侧耳，在不同地区．就有冻菌、平菇、北风菌、蛇菌、平蘑或平茸等不同名称，很不统一。有的是同名异菌，如同称为"冬菇"的，有的地区是指香菇，有的地区却是指毛柄金钱菌。所以当地通用的俗名；虽然描述性强，通俗易懂，但局限性大，容易混乱，也不便于科技交流。为了统一名称，国际上一致采用瑞典学者林奈所创造的"双名法"，作为动植物、微生物包括食用菌的命名方法。用双名法定出某一种食用菌的名称，就是某一种食用菌的学名。每一种食用菌的学名，由两个拉丁词组成，第一个是属名，用拉丁文的名词；第二个是种名，用拉丁文的形容词。属名的第一个字母药用大写，种名则一律用小写。完整的学名，末尾还附有命名人姓名的缩写，命名人的姓，一律用正体字。印刷时学名用斜体字，书写学名时在下面加一横线。如双孢蘑菇的学名Agaricus bisporus(Lange)Sing。其中Agaricus是蘑菇属属名，bisporus是种名，表示该蘑菇的担子梗上长两个孢子，所以种名叫双孢蘑菇。括号内的认识最初给这个菌命名的人，而括号后的是修改前人名的人。如果命名的人是两个，则两人的名用联接词et相连一起列出。几种人工栽培食用菌的学名如表4。
表4 几种人工栽培食用菌的名称
中名 学名 别名
双孢蘑菇 Agaricus bisporus (Lange)Sing 蘑菇、洋蘑菇
香菇 Lenfinus edodes (Berk.)Sing 香蕈、香菌
银耳 Tremella fuciformis Berk. 白木耳
黑木耳 Auricularia auricula (Hook.)Underw. 木耳、黑菜
草菇 Volvariella volvacea (Bull. ex Fr.)Sing. 兰花菇、秆菇
猴头菇 Hericium erinaceus (Bull. )Pers. 猬菇
平菇 Pleurotus ostreatus (Jacq. ex Fr.)Kummer 冻菌、北风菌、侧耳、糙批侧耳
凤尾菇 Pleurotus sajor-caju(Fr.)Sing 环柄侧耳、环柄斗菇
毛柄金钱菇 Collybia velutipes (Fr.)Quel. 构菌、冬菇、金针菇
食用菌在分类学上的地位，也是按生物分类系统上通用的单位，即门、纲、目、科、属、种。有时还有亚纲、亚目亚科的单位。兹以香菇和银耳为例说明如下：
门：真菌门 门：真菌门
纲：担子苗纲 纲：担子菌纲
亚纲：同隔担子菌亚纲 亚纲：异隔担子菌亚纲
目：伞菌目 目：银耳目
科：白蘑科 科：银耳科
属：香菇属 属：银耳属
种：香菇 种：银耳
