平菇现阶段主要有三种不同的栽培方式，按培养基处理方式，一般称为发酵料栽培、熟料栽培和生料栽培法。他们各自都有优缺点。
发酵料栽培：
发酵料栽培是按照一定的配方将原料混合拌均后建堆发酵，通过微生物自然发酵升温，使原料内产生大量高温菌群。这些菌群初步分解了营养，更主要的是他们的营养体及菌素可以抑制其他对食用菌有危害的杂菌，通过翻堆将原料各部分都生成这些高温菌群，从而达到平菇栽培的开放式生产。发酵料生产平菇现在已经成为平菇生产的主要生产方式。这个方式同样适用于鸡腿菇、大球盖菇、甚至滑菇的栽培。
发酵料生产方式的优点在于生产成本降低，可以在夏季高温以外的季节开放式生产而不担心杂菌感染。其缺点在于发酵过程技术性较强，发酵不好，反倒容易造成严重失败。另外虫害需要注意防治,虽然在原料发酵阶段料堆温度能诱导虫卵发育，料堆部分温度能达到60-75度从而杀死害虫，但在料堆表面及周围地面温度较低部分害虫大量聚集且难以完全通过发酵温度杀死，直接栽培后害虫仍会逐渐大量孳生吞噬菌丝。装袋前加入的杀虫药品作用也有限。建议在每次翻堆前在料堆表面和周围地面喷洒杀虫药剂以彻底杀死害虫。
熟料栽培：
熟料栽培是将原料按配方混合拌均后装袋，然后采用高温蒸汽灭菌，将原料内所有杂菌全部杀死，在无菌环境中将食用菌菌种接在培养基上。
熟料的优点是操作规程简单、按部就班，杂菌和害虫杀灭彻底；特别是在反季节栽培时使用熟料栽培比其它模式优势较明显。缺点是成本较高，因为要长时间靠高温蒸汽持续加热灭菌，一般达到100度以上要持续很长时间，会消耗较多燃料。另外平菇生产中现在还有人采用发酵料和熟料结合操作法，即先发酵再进行高温灭菌杀虫，灭菌时间可以大大缩短，100度以上只要维持5、6个小时即可。
生料生产：
生料即将原料混合后直接装袋（下床）接种。他是靠较低温和通风的环境和大量菌种及药品等控制其他杂菌，达到栽培平菇的目的。一般在深秋季节，气温降到15度以下进行生料生产比较安全。 生料生产方便快捷，但其生产受到季节限制，气候环境是决定其生产的主要因素。该生产方法一般难以确保成品率，特别是老的栽培场所；在原料价格不断升高的今天，一般采用生料栽培的已很少，新疆等原料价格较低的地区仍有人采用生料法。
另外食用菌培养基的处理方式还有半熟料，普遍应用于东北地区的香菇、滑菇生产。
