酵母菌喜欢培养料含氮量高、温度高和偏酸性的环境，28 ℃以上繁殖生长极快。酵母菌的菌落的菌落特征是：光滑、润湿、不透明，灰白、乳白或红色，有酸味或酵母味，也很像稠鼻涕，菇农也称之为"热鼻涕"。
防治方法：在配料时搭配好碳源和氮源的比例，把pH 值调节稍高一点，达到8.5 ～9.5 ，因在培养过程中，生石灰很快变化成熟石灰，培养料在发酵期间也产生酸（特别是陈旧的培养料）；搞好培养室的清洁卫生，定时喷洒消毒药品；加强通风换气，经常观察料温，发现料温过高要及时疏散菌袋散热。若在冬天气温低的季节发现细菌污染，应把污染的菌筒搬到室外温度低的地方（不能在0 ℃以下），因平菇菌丝有耐低温而不耐高温的特点，在低温时细菌不易繁殖甚至死亡，而平菇菌丝慢慢生长，逐步战据优势，最后长满菌袋出菇。也可用0.01% 苯来特注射污染处纺织。
