(一)畸形 蘑菇发生畸形，多数是由于温差或不利的环境诱发的；也可能与所使菌株有关。畸形主要有以下几种：
1.菌柄中空。菇床上的蘑菇看起来正常，但切掉菇脚，发现菌柄有一部分中空，在一个硬芯周围通常有一个环形空腔。而后，菌柄切面可能裂开再向后卷，使蘑菇失去美观，质量下降。这主要是出菇期空气湿度低，菇体水分蒸发快，土层过干，子实体得不到水分造成的。
2.菌柄开裂。菌柄竖直开裂有时伴有水平开裂，使菌柄裂片向上、下卷起。这是由于蘑菇先生长在非常潮湿的覆土里，后覆土干燥，后再迅速提高覆土湿度而诱发形成的开裂症状。
3.菌柄肿大。偶尔可见蘑菇菌柄肿大，可能在菌柄基部、中间或顶端。
4.硬褶病。开伞的病菇。从下向上看，颜色苍白，菌褶很浅或不存在。如菌盖破裂，则菌盖通常显得比平常厚。
5.丑形菇。子实体分化看起来模糊不清，经常与秋季第一潮菇有关。不能正常发育而变成各式各样的丑形菇，从瘤状直至子实体形状尚可分辨但菌盖却奇形怪状。个别的子实体还可能连在一起。
(二)水渍病 蘑菇发病症状为清晰可见的进水区，特别在菌柄，如将蘑菇揉挤，就会出水；而且有时成熟子实体会自发地流出大量清澈或有色的液体而后烂掉。
