从羊肚菌针状原基形成到采收，一般需要20～25天。科学的出菇管理是获得优质、高产的保证，此阶段 "精细化"管理尤为关键。现提出以下建议，供参考。
羊肚菌出菇阶段管理以温、湿、光、气四大环境要素为核心，既相互促进，又相互制约。在实际生产中要根据天气、棚室性能、生长发育时期等实际情况，尽量达到四大要素的和谐统一，保证羊肚菌子囊果的正常发育。
1. 温度管理："防低温，忌高温"
地温宜控制在12～16℃，气温宜控制在10～18℃，适宜范围内温度宁低勿高，低温条件下羊肚菌菇体肉质肥厚、韧性好;最低地温和气温均不得低于6℃，否则幼菇(<3厘米)易发生冻害，菌柄呈水浸状，后逐渐变红死亡，大菇虽不易冻死，但菌柄会变灰色或红色，导致品质下降;气温最好不超过20℃，切勿超过25℃，超过25℃易大面积发生白霉病。温度调控可通过揭盖保温被和通风的方式来调节。
2. 湿度管理："少量多次，小水勤喷，不打关门水"
出菇期土壤湿度以保持畦面湿润为宜，空气相对湿度以 85%左右为宜。畦床表面发干时，应视天气情况、发育时期等具体情况确定浇水方案。以采用微喷的方式浇水为宜，地喷带浇水易溅起泥水污染菇体，故不建议使用。进入冬季后，早晚温度偏低，宜选择晴天的中午喷水增湿，喷水后及时通风，即"不打关门水"。出菇阶段采用少量多次的方法进行补水，以喷小水为宜，根据羊肚菌生长情况确定喷水量，掌握"菇多多喷，菇少少喷，菇大多喷，菇小少喷"的原则，喷水时间不宜超过3分钟，严禁大水漫灌，以防"水菇"和细菌性病害的发生。
3. 通风管理："设缓冲膜，通底风"
氧气对羊肚菌子囊果的生长尤为重要，缺氧会导致菌柄较长，品质下降。出菇阶段随着子囊果的不断长大，对氧气的需求量也逐渐增加，需逐渐增加通风量，保持棚内空气新鲜。羊肚菌种植棚通风方式不同于蔬菜，以通底风为宜，以便于二氧化碳能排出棚外，但为避免寒风或干热风直吹菇体，应在温室门口处及棚膜底部的通风口处拉1米高左右的缓冲膜。由于冬季温度偏低，通风时间宜选择在上午10:30至下午3:00之间进行，通风时间以2~3小时为宜，控制棚内二氧化碳浓度在2000mg/m3(2000ppm)以内。
4. 光照管理原则："散射光普照，忌直射光"
出菇阶段的光线对羊肚菌子囊果形态及菌盖颜色影响较大，通过调节棉被的高度和遮阳网厚度，将光照强度控制在800～1500lx，出菇畦面要均匀见光，避免出现温室中后部见光少的问题;忌阳光直射，以防菇体温度过高而发生白霉病。
