1. 平菇原基期管理
出菇期菌袋排放完毕，首先使菇棚内具有适宜出菇的环境条件，此时，菇场内不易过暗，不能闷热，要给予一定的散射光照，地面上要保持湿润状态，且给予小通风管理，保持空气新鲜。当袋口洞眼或套环内形成大量白色或灰色瘤状物，称子实体原基，原基对水分和风吹比较敏感。
管理重点：
1、采用洞眼出菇或划口出菇的，原基会自动形成和发育，套环出菇的要将菌袋两头套环上的报纸全部去掉。
2、通风量宜小不宜大，通风量过大会造成原基大批量死亡，通风量太小或不通风，原基成活数目会增多，影响商品价值。
3、喷水宜轻不宜重，以雾状水为好，晴天每日两次，阴天每日一次，雨天可不喷。
2.珊瑚期管理
在适宜条件下，原基开始分化成菌柄和菌盖，形状如珊瑚，故称珊瑚期。进入珊瑚期，应打开通风口，让空气在日夜24小时内都要形成对流。要注意：空气对流量要随珊瑚期到成菇期逐渐增大，如果进入珊瑚期后仍不通风，或空气不能形成对流，菇体将只长菌柄，不长盖，形成金针菇形。通风大小主要靠每个通风口的敞开度来调节的。总之，只要发现棚内菌袋长出的平菇有畸形或有菌盖向上翘的迹象，就说明棚内缺氧，应加强通风换气，湿度管理一是依靠地面湿度，二是依靠人工喷水，喷水量可逐渐加大。除抓好通风和湿度管理外，疏蕾管理也是重要的一环，半生料或发酵料袋栽两头因有透气孔，每个洞眼都有可能形成菌蕾，这时应在每袋两头各选一把肥嫩的菇蕾，去除的小菇蕾仍可出售，留下来的菇蕾集中生长，形成大菇。疏蕾工作持续到第一潮结束为止，第二潮开始就不需要疏蕾了。
如遇到下列情况，可不疏蕾：
1、市场菇源少，菇价高，这时对菇的质量要求的，却不影响销售。
2、用23~25cm的大袋子，营养足。
3、套环出菇可不疏蕾，因出菇集中，可自然形成大菇。
