装料灭菌过程染菌
1.拌料时水分不均匀，有的地方偏于，有的则偏湿，这样容易造成灭菌不彻底，导致菌筒成批染菌。
2.培养料偏湿，在夏季制作菌简，温度较高，如果培养料水分过多，就极易造成菌筒的染杂。
3.灭菌锅内装料过紧，锅内气体难以回旋，造成"死角"或温度高低不等，灭菌不彻底。
4.装料、灭菌不及时，使培养料过夜发酸。或灭菌时烧火不旺，使锅内温度升至100C所需时间过长，导致培养料发酸，都有利于杂菌的侵染。
5.装料过程中或灭菌前后的搬动，操作不小心而导致菌袋破损，从而导致染菌。
环境卫生
1.接种室、培养室与畜舍、仓库等相毗邻，或者接种室、培养室的周围垃圾成堆，动物乱放，有的甚至把染杂和废旧菌简堆放在室外，未及时处理掉。这样造成环境不洁、空气中含大量杂菌孢子。故在制简时稍不小心就可能引起染菌。
2.培养料带菌：在培养料配制时，有些菇农把废旧原料与新鲜原料混合重新利用，以及使用发霉的木屑、麸皮等。这种培养料内部含有大量的杂菌孢子。而常压灭菌很难做到完全彻底。
接种过程染菌
1.接种室消毒不彻底，其原因主要是用药量不足，其次是消毒时间不够，以致未能全部杀死杂菌孢子。
2.没有严格遵循无菌操作的规则，首先表现在接种工具带菌，从而造成了染菌。其次因有些菇农为了赶速度，常直接用手抓菌种接种，有的则用手指把菌种压入接种穴中。由于人手很难消毒彻底。故用手直接接种，极易染菌。
菌种质量差导致染菌。使用染杂的菌种及生活力弱或老化菌种，都极容易导致菌筒的染杂。
采菇时不小心而引起染菌。有时菇农在采菇时把部分菇柄遗留在菌筒上，采菇2一3天由于菇柄腐烂，从而引起的木霉感染。另外，采菇用力过猛把培养基一块拔起造成了伤口，以后在该处易积水，而造成木霉的感染。
所以，采菇时要小心谨慎，不要把培养基带起，造成伤口，引起感染。同时，要把菇柄采尽，切勿使菇柄遗留在菌筒，否则，菇柄腐烂也会导致木霉的感染。
注意环境卫生，必须认真做好接种室、培养室及裁培场所内外的消毒和清洁卫生工作，同时要求培养室与裁培场所必须通风透气，使空气中木霉孢子减少到最低限度，并尽量不要用松木板或腐烂的木材，毛竹作培养架和栽培场所作支架。
