脉孢霉能污染所有食用菌的菌种及培养料。最明显的症状是在棉塞和菌种表面堆积大量分生孢子，呈现出橙红色粉层，粉层厚度可达1cm左右，轻微的空气震动都会使分生孢子随气流扩散，致使该批菌种报废。在高温、高湿的梅雨季节极易发生，棉塞受潮则更易感染。
菌种质劣菌种菌龄过长，菌丝生命力弱，易被脉孢霉污染。封口材料污染封口材料（如棉塞）受潮、过松或破漏，是造成此菌污染的主要原因之一。另外操作不当灭菌不彻底，接种及培养环境卫生条件差，接种用具不洁净，工作人员无菌操作不严密等，会使脉孢霉感染的几率大大增加。
综合防治措施 要创造有利于食用菌、不利于病虫害发生的环境条件，要把原料库、拌料室等感染区与菌种室、接种室、培养室、出菇棚等易染区隔离；接种室、培养室要定期清扫，并用20%嘧菌酯悬浮剂或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1000倍液与紫外灯配合，或用高效环境消毒器彻底消毒；培养料进房前，菇房、菇架要曝晒2～3天，并用石灰、甲醛等消毒；污染的菌种和病菇要带出菇房烧毁或深埋；每一季栽培结束后，应彻底清理菇场。
严把菌种关选择适宜当地环境、抗病能力强的品种。使用菌龄短、生活力强、无污染的优质母种和原种，有利于接种后尽快形成生长优势，抵制脉孢霉的侵染。认真挑选栽培种，淘汰异常菌株，防止菌种带菌。
栽培操作严格规范拌料时，应选择无虫、无霉变的新鲜培养料，可在拌料时加入培养料干质量0.1%的50%多菌灵可湿性粉剂0、1%的生石灰或0.2%高锰酸钾混合液拌料，也可用0.1%的70%甲基硫菌灵可湿性粉剂拌料；适当加石灰用量（2%～4%），特别是在高温季节进行生料栽培时；调节好培养料的碳氮比和pH值；调节好培养料的含水量，以用手攥料恰好指缝不出水为标准；装袋时松紧度要适宜。
此外，培养料要随拌随用，以防酸败。灭菌时要先排净冷空气，保证有足够的灭菌压力和时间，锅内菌袋的摆放不可太过紧密，以免蒸汽不畅。接种、养菌等环节要严格实施无菌操作。避免封口材料受潮，谨防菌袋破损。接种时要选择最佳播种期，适当增加播种量，以利于快速发菌，形成菌丝生长优势。养菌及出菇时，控制好棚内温湿度，注意通风和调节光照，保证有良好的环境条件。
化学防治使用化学农药应遵循最低限度原则。如果发现有脉孢霉污染，应先将受污染的菌袋小心清理到室外深埋或烧毁，并在清理过程中避免脉孢霉孢子的飘散。同时用甲基硫菌灵、嘧菌酯对菇房彻消毒。
