食用菌科学是一门应用科学技术，更是一门综合学科。食用菌生产是将食用菌生物学、生物转化技术(基质制备)和环境工程紧密结合而实施的学科。
食用菌生物学不仅仅只是食用菌的栽培，而涉及食用菌的方方面面的生物学属性，如分类、发育、生态、营养、生理、遗传、药理、毒性、毒理，可食性等。 应用生物转化技术，探索和制备适于各种食用菌生长发育，并获得高产优质的基质，获得最佳生产效果。
环境工程学则以食用菌生长发育所需环境条件的分析为基础，设计食用菌生产的环境、设施、生产环节及其控制方法，如温度、湿度、光照和通风的调节和控制。
不论是从事食用菌种植，还是从事食用菌的加工、贸易、市场营销和企业管理，都应对食用菌科学有一定程度的了解。只有对此有了一定的了解，才能科学决策、科学生产、科学加工、科学营销和科学管理，才能获得理想的经济效益和社会效益。（参考文献略）