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3.根据培养基的作用区分
（1）选择培养基：主要用于微生物菌种的筛选。它是根据某一微生物的特殊营养要求或对某些因素的抗性而设计的培养基。
（2）鉴别性培养基：这是一类利用显色，快速鉴别疑难菌落的培养基。它主要是用于细菌的分类鉴定。
（3）种子与发酵培养基：在工业深层发酵中，为了得到充足、优质的种子而设计的培养基，叫种子培养基。为了使微生物进行大量深层发酵，获取代谓}产物的培养基称为发酵培养基。
本书主要围绕着食用菌菌种分离与培养过程中涉及的培养基进行论述。
（二）菌种类型
根据食用菌生产栽培对所用菌种的制种工艺程序、分离接种途径等综合因素的不同要求，可把菌种分为三级。
1. 一级种（母种）
根据不同的培养基配方，加热溶解后加入凝固剂，塞上棉塞，经过高压灭菌、冷却，凝固成斜面，常称之为空白斜面试管。它主要用于菌种的分离、提纯、转管、扩大和保存。
将欲分离的菇耳组织体或孢子在无菌条件下，接入空白斜面试管，经过培养、提纯（纯化），获得纯菌丝，再经转管，初步确定为原始母种。除单孢子分离外，所获得的纯菌丝要经过出菇试验，证实其具有结实性，可确定为原始母种。
原始母种数量较少，一部分原始母种作为贮藏保存之用，另一部分在无菌条件下进行再次转管扩大成母种，用于生产。通常人们所述的母种大多是从原始母种转管在空白斜面上的培养物。也有人将母种称为原种，但国内习惯上多将此培养物称为母种。为了避免混淆，现将此培养物称为一级种。一级种以不同规格口径的玻璃试管为容器。
2.二级种（原种）
二级种又称原种，由一级种繁殖而成。其培养基是以天然材料为主，添加适量可溶性营养物质配制而成的固体培养基。该培养基更接近于生产基质，因此，二级种完全可以直接用于生产栽培。但由于数量较少，若用于生产，则成本过高，只有繁殖成三级种后，才能适应生产的需要，为此二级种又称过渡种，即从一级种向三级种的过渡，从少量向大量过渡。在这过渡过程中，为保证三级种应有的高纯度，和一级种一样有必要强调菌种培养基灭菌要采用高压灭菌。
二级菌种在培养过程中为了便于观察，必须采用玻璃容器，最常用的是750mL的广口瓶（菌种瓶）。
3.三级种（栽培种）
三级种由二级种扩大繁殖而成，其培养基和二级种基本相同，是直接用于栽培的菌种，故又称栽培种。由于三级种是菌种场的主要产品，参与商品流通，为了避免运输上或使用中造成的容器破损和因此而导致的污染率上升，同时也为了降低生产成本，常用聚丙烯塑料袋代替菌种瓶。三级种生产量大，用常压灭菌锅比较危险，三级种有时也会因灭菌不彻底，导致纯度可能偏低，不宜再度扩大繁殖，否则可能引起菌种的污染。因此，最好使用高压灭菌锅进行灭菌，以保证菌种瓶（袋）不受污染。从数量上看，一支一级种可繁殖6～8瓶二级种，一瓶二级种可繁殖20～40袋三级种。可见，一支一级种经三级扩大后繁殖能力扩大了数百倍，完全满足栽培的需求。